home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Libris Britannia 4 / science library(b).zip / science library(b) / MEDICAL / H121A.ZIP / FILES6.EXE / lha / ETBCONV.DOC < prev    next >
Text File  |  1991-07-15  |  12KB  |  296 lines
  1.                         ETBCONV Version 1.01
  2.                                   
  3.                             8 March 1990
  4.                                   
  5.  A program to convert CASP (CDC Anthropometric Software Package) ETB
  6.              files to dBase III, ASCII, comma-delimited,
  7.                          or Epi Info files.
  8.  
  9. Supported and distributed by:
  10.  
  11.                          Nutrition Division
  12.                      Centers for Disease Control
  13.                     1600 Clifton Road NE, MS A08
  14.                           Atlanta, GA 30333
  15.                                  USA
  16.                                   
  17.                     Phone Number:  (404)639-3671
  18.                      Fax Number:  (404)639-3037
  19.  
  20.  
  21.                                  and
  22.                                   
  23.                            Nutrition Unit
  24.                       World Health Organization
  25.                            1211 Geneva 27
  26.                              Switzerland
  27.  
  28.    Written  in  Turbo  Pascal  by  David  A.  Foster,  Department  of
  29. Epidemiology, University of Michigan.
  30.  
  31.    ETBCONV is  distributed with  Epi Info  Version 5  and CASP  as  a
  32. utility program  to convert  CASP files  into other file types.  This
  33. program can run in the menu mode or command-line mode.  The menu mode
  34. will be described first followed by a description of the command-line
  35. mode.
  36.  
  37.                               Menu Mode
  38.  
  39.    To use  the menu  mode, enter  "ETBCONV"  (without  the  quotation
  40. marks) at  the DOS  prompt.    A  menu  will  appear  on  the  screen
  41. requesting information for:
  42.  
  43.    (1)   .ETB file name
  44.    (2)   Output file name
  45.    (3)   Output file  type -  either D  (for  dBase),  A  (ASCII),  C
  46.      (comma-delimited), or E (Epi Info)
  47.    (4)   Whether or not to keep deleted records
  48.  
  49.    Provide the appropriate responses for the questions.
  50.  
  51.    The extensions for the different output file types are:
  52.  
  53.    (1)   .DBF for dBase files
  54.    (2)   .DAT for  ASCII files  - in  addition, the  field names  and
  55.      column positions are in a separate file with the extension .AHD
  56.    (3)   .PRN for  comma-delimited files  - in  addition,  the  field
  57.      names are in a separate file with the extension .CHD
  58.    (4)   .REC for Epi Info files
  59.  
  60.    The field  names  for  dBase,  ASCII,  and  comma-delimited  files
  61. (excluding the added fields) and their definitions are:
  62.  
  63. ID     Identification information
  64. SEX    Sex
  65. AGE    Age in months
  66. HT     Height in centimeters
  67. WT     Weight in kilograms
  68. HAP    Height-for-Age Percentile
  69. HAZ    Height-for-Age Z-score
  70. HAM    Height-for-Age Percent-of-Median
  71. WAP    Weight-for-Age Percentile
  72. WAZ    Weight-for-Age Z-score
  73. WAM    Weight-for-Age Percent-of-Median
  74. WHP    Weight-for-Height Percentile
  75. WHZ    Weight-for-Height Z-score
  76. WHM    Weight-for-Height Percent-of-Median
  77. DOB    Date of Birth
  78. DOV    Date of Visit/weight and height measurements
  79. FLAG   Record flag (more information on this below)
  80.  
  81.    For added  fields, the  field names  are changed  if they  contain
  82. invalid characters  for dBase  or Epi  Info file field names.  If the
  83. first character  is an  invalid character,  it will be changed to the
  84. letter "Z".   For  example, if a field name starts with the character
  85. "@", the  "@" will be changed to a "Z".  Other invalid characters are
  86. changed to  an underscore  (i.e., "_").   Blanks within an .ETB added
  87. field name are removed.
  88.  
  89.    Date fields  in ASCII  and comma-delimited  files  will  have  the
  90. format YYYYMMDD,  e.g., 19880130  would be  the date  for January 30,
  91. 1988.
  92.  
  93.    When the  option to  copy deleted  files is  set to "Yes", records
  94. transferred to  dBase and  Epi Info files will be marked for deletion
  95. within those databases.
  96.  
  97.    A "Flag"  field is added to each record.  This added field is used
  98. to identify  records that, in the majority of instances, have missing
  99. information or  data errors  (such as weight entered as 55 kgs rather
  100. than 5.5  kgs).   It would  be extremely rare to find individuals who
  101. would have such extreme anthropometric values.
  102.  
  103.    The criteria for "flagging" records is based on Z-score values are
  104. as follows:
  105.  
  106.       Index             Minimum        Maximum
  107.       Height-for-Age    -6.00          6.00
  108.       Weight-for-Height -4.00          6.00
  109.       Weight-for-Age    -6.00          6.00
  110.  
  111.    Two additional criteria for "flagging" records are combinations of
  112. data items:
  113.  
  114.       Both HAZ>3.09 and WHZ<-3.09
  115.                   or
  116.       Both HAZ<-3.09 and WHZ>3.09
  117.  
  118.    We recommend  that all "flagged" records be verified for accuracy.
  119. A coding scheme for identifying which index or indices are flagged is
  120. shown below:
  121.  
  122. Flag   Index Flagged
  123. Code  HAZ    WHZ    WAZ    Notes
  124. ------------------------------------------------------
  125.   0                        No indices flagged
  126.   1    Y                   HAZ flagged only
  127.   2           Y            WHZ flagged only
  128.   3    Y      Y            Both HAZ and WHZ flagged
  129.   4                  Y     WAZ flagged only
  130.   5    Y             Y     Both HAZ and WAZ flagged
  131.   6           Y      Y     Both WHZ and WAZ flagged
  132.   7    Y      Y      Y     All three indices flagged
  133. ------------------------------------------------------
  134. Y=Indice flagged
  135.  
  136.  
  137.    In analyzing  anthropometry data,  it is  recommended that certain
  138. indices be  set  to  missing  values  (and  therefore  excluded  from
  139. analyses) based  on the  coding in  the Flag  field.    For  example,
  140. analyses of  Weight-for-Height values  (whether in terms of Z-scores,
  141. percentiles, or  percent-of-median) should  exclude records that have
  142. the codes 2, 3, 6, or 7.
  143.  
  144. A special note on Epi Info files
  145.  
  146.    All of  the comments that follow refer to Epi Info Version 5.  The
  147. Epi Info  file created by ETBCONV can be analyzed within the Epi Info
  148. ANALYSIS module.   If  you want  to edit  or add records to the file,
  149. please read  the chapter  related to Nutritional Anthropometry in the
  150. Epi Info manual.  Also note that you must have a Check (.CHK) file in
  151. order to  perform the  anthropometric calculations  within Epi  Info.
  152. The .CHK  file distributed  with Epi  Info (MEASURE.CHK) can be used.
  153. First, copy the MEASURE.CHK file to one with your Epi Info file name.
  154. For example,  if the  Epi Info  file name  is  RURAL.REC,  enter  the
  155. following command in the Epi Info subdirectory:
  156.  
  157.    COPY MEASURE.CHK RURAL.CHK
  158.  
  159.    This will  copy the  MEASURE.CHK file  information into a new file
  160. called RURAL.CHK.  You also need to copy MEASURE.BAT to a file called
  161. RURAL.BAT.   After you have created the RURAL.BAT file, edit the file
  162. in the  Epi Info  EPED module.   The  contents of  the RURAL.BAT file
  163. should be as follows:
  164.  
  165.    MARK
  166.    DOMEAS
  167.    ENTER MEASURE
  168.    REMOVE
  169.  
  170.  
  171.    Change the third line from ENTER MEASURE to ENTER RURAL (which can
  172. be done in Epi Info's ENTER module).  Save the file and return to the
  173. DOS prompt and enter:
  174.  
  175.    RURAL
  176.  
  177.    This should  load in  the RURAL  file and  allow for editing, etc.
  178. However, you will probably want to modify the .CHK file to change the
  179. skip patterns if there are added fields.  Please consult the Epi Info
  180. documentation on  how to  modify .CHK  files.  There is also a sample
  181. data set  supplied with  Epi Info  called NUTRI  that may serve as an
  182. useful example for modifying your .CHK file.
  183.  
  184.    The Epi Info file created by ETBCONV has the following format:
  185.  
  186. Name       Identification information
  187. SEX        Sex
  188. AGE        Age in months
  189. BIRTHDATE  Date of Birth (mm/dd/yy)
  190. YRS        Age in years
  191. VISITDATE  Date of Visit/weight and height measurements (mm/dd/yy)
  192. WEIGHT     Weight in kilograms
  193. LBS        Weight in pounds
  194. OZS        Weight in ounces
  195. HAP        Height-for-Age Percentile
  196. HAZ        Height-for-Age Z-score
  197. HAM        Height-for-Age Percent-of-Median
  198. HEIGHT     Height in centimeters
  199. WAP        Weight-for-Age Percentile
  200. WAZ        Weight-for-Age Z-score
  201. WAM        Weight-for-Age Percent-of-Median
  202. FT         Height in feet
  203. IN         Height in inches
  204. WHP        Weight-for-Height Percentile
  205. WHZ        Weight-for-Height Z-score
  206. WHM        Weight-for-Height Percent-of-Median
  207. FLAG       Record flag (more information on this below)
  208.  
  209.    You may want to modify the file to meet your needs.
  210.  
  211.  
  212.    The menu  mode entry  provides full  keyboard editing capabilities
  213. such as  insert/overwrite, destructive backspace, character delete at
  214. cursor position, and cursor positioning with arrow keys.
  215.  
  216.                           Command-Line Mode
  217.  
  218.    The  command-line   mode  pf  ETBCONV  requires  the  entry  of  4
  219. parameters at the DOS prompt:
  220.  
  221.    (1) the name (without extension) of the ETB file
  222.    (2) the name (without extension) of the output file
  223.    (3) the type of output file:
  224.       D = dBase III Plus
  225.       A = ASCII file (fixed column)
  226.       C = comma-delimited ASCII file
  227.       E = Epi Info file
  228.    (4) the option to pass or retain deleted records
  229.       Y = yes, pass deleted records
  230.       N = no, retain deleted records
  231.  
  232. Example 1 of the command-line mode:
  233.  
  234.    etbconv infile outfile d y
  235.  
  236.      The  example   1  command   would  use   infile.etb  to  produce
  237.      outfile.dbf (a dBase file).  Deleted records would be passed.
  238.  
  239. Example 2 of the command-line mode:
  240.  
  241.    etbconv infile outfile a n
  242.  
  243.      The  example   2  command   would  use   infile.etb  to  produce
  244.      outfile.dat (an ASCII file) and the corresponding file structure
  245.      information in  the file outfile.ahd.  If the third parameter in
  246.      the command  line in  Example 2  were a "c" (instead of "a"), an
  247.      ASCII comma-delimited  file would  be  produced  with  the  name
  248.      outfile.prn,  and   the  corresponding   header  file  would  be
  249.      outfile.chd.
  250.  
  251.               Comparison of Menu and Command-Line Modes
  252.  
  253.    The menu  mode provides a higher level of protection than command-
  254. line mode in that the menu mode provides:
  255.    (1) an overwrite warning on existing output files
  256.    (2) an interactive problem explanation for data entry steps
  257.    (3) record processing number report during file generation
  258.    (4) output report
  259.  
  260.    Both command-line  and menu modes report inability to find the ETB
  261. file.  The menu mode provides an Abort/Continue option at that point,
  262. command-line mode reports the error and terminates.  The header files
  263. created when  ASCII or  comma-delimited output  types  are  specified
  264. contain the  field names and positions.  To read the header file, you
  265. can use  the DOS  "TYPE" command and to print the header file use the
  266. DOS "PRINT"  command (see  your DOS manual for further information on
  267. these DOS commands).
  268.  
  269.                        Problems or Suggestions
  270.  
  271.    Should  you  have  any  suggestions  or  problems  concerning  the
  272. software, please  contact the Nutrition Division, Centers for Disease
  273. Control (address,  phone number,  and FAX  number listed above).  For
  274. problems, please send the following information:
  275.  
  276.    (1) A description of the problem
  277.    (2) A copy of the screen where the problem occurred (using Prt    
  278.       Scrn)
  279.    (3) The type of computer, monitor, and graphics card (if any)
  280.    (4) A copy of the autoexec.bat and config.sys files (if any)
  281.  
  282.                        Distribution Conditions
  283.  
  284.    NON-WARRANTY.   ETBCONV  is  provided  "as  is"  and  without  any
  285. warranty expressed or implied.  The user assumes all risks of the use
  286. of ETBCONV.  ETBCONV may not run on your particular hardware/software
  287. configuration.   We bear no responsibility for any mishap or economic
  288. loss resulting therefrom the use of this software.
  289.    COPYRIGHT CONDITIONS.   You  may make  and  distribute  copies  of
  290. ETBCONV provided that there is no material gain involved.
  291.    USE AT YOUR OWN RISK.  All risk of loss of any kind due to the use
  292. of ETBCONV  is with  you, the  user.   You are  responsible  for  all
  293. mishaps, even if the program proves to be defective.
  294.                                                                      
  295.                                                           etbconv.doc
  296.